在论文查重中，常用的相似度算法包括余弦相似度、Jaccard相似度、SimHash算法等。其中，余弦相似度是最常用的算法之一，它通过计算两篇文章的向量夹角余弦值来衡量它们的相似度。Jaccard相似度则是通过计算两篇文章的交集与并集之比来衡量它们的相似度。SimHash算法则是一种基于哈希的算法，通过将文章转化为哈希值进行比较，可以快速高效地检测文章的相似度。

需要注意的是，不同的算法适用于不同类型的文章和不同的查重软件。因此，在使用查重软件时，需要根据具体情况选择合适的算法，并结合其他方法进行综合评估，以提高检测的准确性和可靠性。此外，还需要注意保护个人隐私和知识产权，避免不必要的损失和纠纷。